Ademas de la participacion de muchos personajes ya conocidos del universo Star Wars, The Clone Wars nos introduce varios nuevos personajes, y nos expande la historia de varios otros. La serie pone mucho enfansis en los soldados clones del Gran Ejercito Galactico, en especial los de la Legion 501 de Anakin Skywalker, y sus historias durante la guerra.

Ahsoka Tano: Es una joven Jedi de la raza togruta asignada como Padawan de Luke Skywalker. Fue encontrada por el Maestro Plo Koon quien la llevo al Templo Jedi a ser entrenada a temprana edad.

Capitan Rex (CT-7567): Es el capitan y segundo al mando de la Legion 501 del General Jedi Anakin Skywalker y la Comandante Jedi Ahsoka Tano. Rex es un soldado experimentado y con mucha iniciativa propia, independencia y liderazgo, y que logro tener una gran amistad tanto con varios de sus "hermanos" clones como con Jedis como Anakin y Ahsoka. Durante el Sitio de Mandalore es ascendido a Comandante para dirigir la 322a compañia, una division de la Legion 501 asignada para esa mision, junto a Ahsoka Tano como asesora.

Tup (CT-5385): Es un soldado clon novato de la Legion 501 que en la Batalla de Ringo Vinda mato a la General Jedi Tiplar tras haber sufrido un mal funcionamiento su biochip de control que que resulto en la prematura ejecucion de la Orden 66.

Cincos (CT-5555): Es un soldado clon de elite de la Legion 501, que tambien estuvo en el Escuadron Domino con Eco. Como era ya comun en los soldados de la Legion 501 y su Capitan Rex, Cincos tambien tiene mucha iniciativa propia e independencia, lo que lo hace que mas de una vez desobedezca a sus superiores, y que se involucre en la investigacion del biochip de control que hizo que Tup, con quien tenia una gran amistad, matara repentinamente a una General Jedi.

Eco (CT-1409): Es un soldado clon de elite de la Legion 501 que fue previamente junto con Cincos cadete del Escuadron Domino en Kamino y luego guardia en la Estacio Rishi. Es capturado por los separatistas y vendido a la Tecno Union, quienes lo convierten en un cyborg y lo usan para las estrategias militares separatistas del almirante Trench en Anaxes.

El Lote Malo (Fuerza Clon 99): Es una fuerza de soldados clones de elite formado por 4 clones geneticamente alterados, cada uno con sus capacidades unicas que los diferencia de los clones regulares, a los que llaman despectivamente "regs". Estos son; Hunter, el lider, que cuenta con habilidades sensoriales mejoradas, Wrecker, temerario y con masa muscular mejorada, Tech, con capacidad mental e inteligencia mejorada, y Crosshair, el francotirador especializado con vista y punteria mejorada. Lleva su nombre en honor a 99, un clon defectuoso que ejercia como mantenimiento en el laboratorio de Kamino y murio defendiendolo del ataque separatista.

Asajj Ventress: Es una dathomiriana usuaria de la fuerza que sirve como asesina y aprendiz del Conde Dooku. Ella fue entregada a temprana edad por las Hermanas de la Noche para proteger su clan, y fue llevada a Rattatak. Quien la habia llevado muere en un ataque pirata, y ahi es encontrada por el Jedi Ky Narec, que descubrio que era sensible a la fuerza y la tomo como Padawan. Al morir su maestro por los piratas ella desarrollo un odio a la Orden Jedi y un deseo de venganza que la llevo al lado oscuro.

Barriss Offee: Es una joven Jedi miriliana y Padawan de la Maestra Luminara Unduli. Ella forja una amistad con Ahsoka Tano, a pesar de sus personalidades opuestas.

Ziro the Hutt: Es un lider criminal del Clan Hutt y tio de Jabba the Hutt, que se establecio en Coruscant. El hizo un pacto secreto con el Conde Dooku durante la Guerra de los Clones en los que Ziro abdujo al hijo de Jabba para ocasionar un conflicto entre este y la Orden Jedi, con el objetivo de removerlo del poder y tomar el control de los Hutt.

Cad Bane: Es un cazarrecompensas que realiza distintos trabajos tanto para los Sith como para familias criminales como los Hutt.

Duquesa Satine Kryze: Es la gobernante de Mandalore y lider del Consejo de Sistemas Neutrales durante la Guerra de los Clones. Ella es leal a la Republica Galactica pero mantiene una politica de neutralidad ante la Guerra de los Clones por lo que no acepta la intervencion de la Republica Galactica en sus conflictos internos. Sin embargo sufre la amenaza interna del grupo terrorista conocida como La Guardia de la Muerte que busca derrocar su gobierno pacifista y devolver a Mandalore su tradicion guerrera. Tiene una amistad, con el Maestro Jedi Obi-Wan Kenobi con quien tuvo una relacion romantica cuando Obi-Wan y Anakin la custodiaron durante las Guerras Mandalorianas.

Pre Vizsla: Es el gobernador de la luna de Mandalore, Concordia, y aliado publicamente de la Duquesa Sabine, pero en secreto es el lider de la Guardia de la Muerte y desea derrocar a Satine y tomar el control de Mandalore. Es poseedor del DarkSaber, que habia sido creado por el primer Jedi mandaloriano, Tarre Vizsla.

Bo-Katan Kryze: Es la hermana de la Duquesa Satine, y miembro de la Death Watch conducida por Pre Vizsla. Tras la muerte de Pre-Vizsla y la disolucion de la Guardia de la Muerte, encabeza la rebelion a Maul en Mandalore.

Lux Bonteri: Es el hijo de Mina Bonteri, una Senadora de Onderon del Senado de la Confederacion de Sistemas Independientes, una vieja amiga de la Senadora Padme Amidala de Naboo, ya que la primera habia sido senadora del Senado Galactico hasta la Guerra de los Clones cuando Onderon abandono la Republica. De ella aprendio mucho y desarrollo muchas aptitudes politicas, y espera una resolucion pacifica del conflicto, aunque odia a la Republica tras la muerte de su padre, un oficial de las Fuerzas Armadas Confederadas, a manos de soldados clon. Esto empieza a cambiar al conocer a Ahsoka.

Hondo Ohnaka: Es un pirata weequay y el capitan de la Banda Ohnaka, un grupo de piratas weequay establecidos en el planeta Florrum. Experimentan un auge durante las Guerras Clon gracias al trafico de especias y por recibir rescates mediante el secuestro y la extorsion.

El Padre: Es uno de los 3 dioses de Mortis, el mantiene el equilibrio en la Fuerza entre sus dos hijos, El Hijo y la Hija.

La Hija: Es una de los 3 dioses de Mortis, ella representa al lado luminoso de la Fuerza. Sacrifica su alma para revivir a Ahsoka. Ella tiene un lazo espiritual con el convor verde Morai, que pasa a Ahsoka cuando esta le da su escencia vital.

El Hijo: Es uno de los 3 dioses de Mortis, el representa al lado oscuro de la Fuerza.