Eventos:

Batalla de Kamino: El primer arco de la temporada se centra en los clones y en su planeta "natal", Kamino. Los separatistas liderados por Asajj Ventress invaden el planeta y muchos soldados clones regresan a defender su "hogar", y logran vencer a las tropas separatistas con ayuda de cadetes y del clon defectuoso de mantenimiento 99, que es reconocido por sus hermanos como un heroe de guerra, y Cincos y Eco son ascendidos a ARC-Troopers.

Corrupcion en Mandalore: Mandalore sufre desabastecimiento y se ve desbordada por la corrupcion y el contrabando, lo que produce que muchos chicos sean envenenados, junto con la Senadora Padme Amidala descubre que esto fue debido a un acto de corrupcion de funcionarios de la aduana. Para ayudarla el Consejo Jedi envia a Sundari a la Padawan a Ahsoka Tano a educar cadetes para que enfrenten la corrupcion, entre los que se incluye el sobrino de Satine, Korkie. Estos junto con Ahsoka descubren que el Primer Ministro Almec es quien controla el mercado negro. Tras enterarse de esto, Almec captura a la Duquesa Satine, y apresa a los cadetes, que son entregados por Ahsoka como parte de su plan, pero cuando esta va a liberar a Satine tambien es capturada, pero finalmente Ahsoka logra liberar a Satine y apresar a Almec.

Fuga de Ziro: Cad Bane y su banda de cazarecompensas liberan a Ziro the Hutt de una prision de la Republica despues de una toma de rehenes en el Senado, y lo lleva a Nal Hutta, con el Consejo de los Hutt, que lo aprisionan ya que Ziro tiene evidencia compremetedora contra el Consejo de los Hutt. El Consejo Jedi le encarga la mision de recapturar a Ziro the Hutt a los Maestros Jedi Obi-Wan Kenobi y Quinlan Vos que se dirigen a Nal Hutta, pero antes de que lleguen a reunirse con el Consejo de los Hutt Ziro ya se habia escapado con ayuda de su ex amante Sy Snootles. Ziro y Snootles van a Teth, donde Ziro guarda los Archivos del Consejo de los Hutt, pero ella lo traciona y lo mata. Cuando Bane y Obi-Wan y Vos llegan a Tenth Ziro ya esta muerto y Snootles se habia llevado el holodiario con los Archivos del Consejo de los Hutt, y se enfrentan pero Bane se escapa. Snootles va a Tatooine y le entrega el holodiario a Jabba the Hutt por una recompensa.

Desregulacion bancaria: Cuando el Senado de la Republica inicia el debate de un proyecto de ley que eliminaría la supervisión del gobierno sobre las actividades del Clan Bancario para financiar la guerra, Padmé y Ahsoka viajan en secreto a la capital de la Confederación de Sistemas Independientes. Amidala intenta forjar un acuerdo de paz con los Separatistas, a traves de su amiga de Padmé, Mina Bonteri, Senadora Separatista de Onderon, que encabeza la iniciativa de paz, y convence al Senado Separatista para que abogue por la paz. Pero Dooku asesina a Mina Bonteri para culpar a la Republica, y ordena al General Grievous lanzar un ataque contra los generadores de energía de Coruscant, llevado a cabo por droides de demolición. El caos y el pánico se extienden por el Senado, que rechaza con vehemencia la iniciativa de paz Separatista, y vota en su lugar desregular los bancos.

Venganza de las Hermanas de la Noche: Preocupado por el creciente poder de Asajj Ventress y temiendo que Dooku lo tracione, Darth Sidious le ordena a este que la mate, pero sobrevive y promete vengarse de Dooku. Para esto va a pedir a ayuda a sus hermanas, las Hermanas de la Noche, que se infiltran en el Palacio de Dooku en Serenno pero fallan, aunque el uso de sables de luz robados le hacen creer que fue un ataque de los Jedi. Debido a esto Dooku le pide a la matriarca de las Hermanas de la Noche, la Madre Talzin, un nuevo aprendiz, lo que aprovechan para vengarse de el. Las hermanas de la noche seleccionan al guerrero Zabrak Savage Opress y lo transforman con magia negra en un poderoso guerrero leal a Asajj, y lo entregan a Dooku para que sea su aprendiz Sith secreto en su complot para derrocar a Darth Sidious. Entrenado por Dooku, Savage Opress asesina a varios Jedi por lo que Anakin y Obi-Wan siguen su rastro. Dooku envía a Opress a Toydaria para capturar al Rey Katuunko donde choca con Anakin y Obi-Wan, y en el curso de la batalla mata al rey. Opress regresa a la nave insignia de Dooku habiendo fallado a su maestro. Es entonces cuando Ventress ataca, con Opress a su lado, contra Dooku. Una batalla a tres bandas por la supremacía del lado oscuro termina con Dooku triunfante, Ventress escapando, y un desilusionado Savage abandonando sus lealtades a los Sith. Él regresa con la Madre Talzin, quien le da un nuevo encargo: buscar en el Borde Exterior a su hermano perdido, Darth Maul.

Dioses de Mortis: Una misteriosa fuerza atrae a Anakin, Obi-Wan y Ahsoka a un distante planeta, y sus habitantes, una familia de portadores de la Fuerza excepcionalmente poderosos, en un intento de determinar si Anakin es realmente el Elegido. El patriarca de esta familia, conocido sólo como el Padre, ha pasado eras manteniendo el equilibrio entre su Hija, quien es fuerte en el lado luminoso de la Fuerza, y su Hijo, quien es poderoso en la oscuridad. El Padre revela que sus días se agotan, y que espera que Anakin ocupe su lugar como garante del equilibrio. Una prueba demuestra que Anakin es capaz de controlar a sus dos hijos, igual que el Padre, pero Skywalker se niega a ocupar el lugar del Padre. el Hijo captura a Ahsoka en un intento de instar a Anakin a unirse a él para usar sus fuerzas combinadas para derrocar a su Padre y Hermana. Para ello, el Hijo somete a Ahsoka a un hechizo del lado oscuro. el Padre intenta evitar un enfrentamiento desastroso entre sus hijos y mantener el precario equilibrio de la Fuerza en el planeta. Temiendo que el Hijo sea imparable, la Hija hace lo prohibido llevando a Obi-Wan Kenobi hasta el Altar de Mortis, donde se encuentra la Daga de Mortis, un arma capaz de matar a un portador de la Fuerza. El Hijo roba el arma, mata a Ahsoka despues de usarla e intenta usar la Daga contra su padre para robar su poder y terminar con su reinado, pero la Hija se sacrifica, interponiéndose en el camino de la daga, pero la Hija antes de morir usa su energia para regresar a Ahsoka a la vida. El redobla sus esfuerzos por convertir a Anakin, que queda impactado por las imágenes de su oscuro futuro. El Hijo le promete el poder para evitar este destino. El Padre reconoce que el Hijo ha roto las reglas del tiempo. Borra la memoria de Anakin acerca de esas visiones del futuro, y roba la Daga de Mortis para terminar con el conflicto. El Padre se impala a sí mismo, evitando que el Hijo robe su poder. El Hijo, aturdido por esto, es eliminado por Anakin. Con los tres portadores de la Fuerza destruidos, el desequilibrio en la Fuerza desaparece en Mortis. Los tres Jedi regresan de nuevo a la galaxia, aparentemente en el momento en el que desaparecieron.

Rescate en la Ciudadela: El General Jedi Even Piell, el capitan Wilhuff Tarkin y su tropa son capturados por los separatistas en la Ciudadela, una prision impenetrable, porque conocen las coordenadas de la Ruta Nexus. Van a rescatarlo un equipo de élite de Jedi y soldados clon liderado por Obi-Wan y Anakin que logran ingresar a la prision con la ayuda de R2-D2 y un escuadrón de droides de combate capturados, un equipo de élite de Jedi y soldados clon liderado por Obi-Wan y Anakin intenta liberar a un General Jedi cautivo, y a pesar de que le ordenaron lo contrario tambien se une Ahsoka Tano. En el escape mueren el Arc Trooper Eco y el Even Piell que le pasa sus coordenadas a Ahsoka. Cuando los supervivientes regresan a Coruscant, Ahsoka conoce la mitad de las coordenadas, y se niega a entregárselas a cualquiera que no sea el Consejo Jedi, mientras que Tarkin se niega a entregar su mitad a cualquiera que no sea el Canciller