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Rebelion de Onderon: Al inicio de la Guerra de los Clones Onderon se une a la Confederacion de Sistemas Independientes y asume Sanjay Rash, aliado al Conde Dooku. Un grupo de rebeldes liderados por Lux Bonteri, Saw Guerrera y Stella Guerrera le piden ayuda al Consejo Jedi, que se divide en sus opiniones, pero deciden enviar a los Generales Jedi Anakin Skywalker y Obi-Wan Kenobi, a la Comandante Jedi Ahsoka Tano y al Capitan Rex para instruir y observar a este grupo de rebeldes. Ahsoka queda en Onderon como consejera, y tras varios golpes al régimen del Rey Rash, el se prepara para ejecutar al Rey Dendup y al intentar salvarlo Saw es capturado. El dia de la ejecucion los rebeldes logran rescatar a ambos, pero son rodeados por el Ejercito de Droides del General Kalani hasta que son rescatados por el General Tandin y la Guardia Real y Ahsoka, y tras esto la rebelion gana apoyo popular. Los rebeldes se retiraron a las montañas, pero el Conde Dooku envió nuevos refuerzos, incluidas nuevas naves-helicóptero, aunque finalmente los lograron derrotar con lanzacohetes, triangulado pirata weequay Hondo Ohnaka y su banda.

Ascenso de Maul al poder: Maul y Savage Opress sobornan a varios de los piratas de la Banda Ohnaka para que se unan a el y atacan Florrum pero llegan los Jedis Obi-Wan Kenobi y Adi Gallia que se alian con el pirata Hondo Ohnaka y logran vencer a Maul y Savage, aunque Adi Gallia muere, y Hondo recupera a su Banda. En la deriva, son rescatados por la Guardia de la Muerte, que aceptan la propuesta de unirse a los zabrak para tomar Mandalore y atraer a Obi-Wan Kenobi. Pero primero, siguiendo los planes de Maul, someten a los grandes sindicatos criminales como El Sol Negro, El Sindicato Pyke y El Clan Hutt, que se unen a lo que seria El Colectivo Sombra, liderada por Maul. Maul y Savage quedan heridos pero logran escaparse aun cuando su nave haya caido y muchos los de por muertos. El Colectivo ataca ciertos puntos de Sundari para exponer la vulnerabilidad de la administracion de la Duquesa Satine, a quien la gente empieza a reclamar, ahi es cuando la Guardia de la Muerte simula detener al Colectivo y Pre Vizla, con el apoyo popular, derroca y encarcela a la Duquesa Satine y se proclama Primer Ministro, y tambien traciona y encarcela a Maul y al Colectivo. Pero Maul y Opress se escapan de la prision y tras vencer en combate uno contra uno a Pre Vizla y asesinarlo, Maul reclama el Darksaber y se convierte en lider de Mandalore, y nombra como Primer Ministro al ex-Primer Ministro Almec, quien culpa a Satine por la muerte de Pre Vizla. La mayoria de la Guardia de la Muerte se une a Maul pero un sector, liderado por Bo-Katan Kryze se niega. Satine es liberada por Korkie y su hermana, Bo-Katan, y logra pedir ayuda al Consejo Jedi pero es capturada por Maul. Obi-Wan va a rescatarla pero ambos son capturados por Maul, que mata a Satine y captura a Obi-Wan, pero es rescatado por Bo-Katan. Mientras tanto, Sidious siente el poder de Maul y se enfrenta a el y a Savage, mata a Savage, y se impone a Maul.

Juicio de Ahsoka: Un atentado hace explotar el Templo Jedi y ocasiona varias muertes de Jedis y no Jedis, y se sospecha que el culpable puede ser un Jedi. Ahsoka y Anakin se dedican a investigar el atentado pero la primera es inculpada por el crimen tras caer en una trampa, ya que una participe del atentado muere estrangulada por la Fuerza mientras habla con ella, y cuando es apresada tambien es inculpada por su fuga y por la muerte de soldados clon. Es perseguida y apresada por la Republica bajo las ordenes del Almirante Tarkin y el Comandante Fox. Ella se fuga y va a probar su inocencia y es ayudada por Assaj Ventress a cambio de ayudarla a conseguir el indulto de la Republica, y es guiada por Barris Ofee a una fabrica abandonada, ahi es atacada por alguien con la mascara y los sables rojos de Ventress, y luego es encontrada por las fuerzas de la Republica. Por presion de Tarkin, el Consejo Jedi le da la espalda y la expulsa de la Orden, y pasa a ser juzgada por un tribunal de la Republica. Anakin se enoja con el Consejo Jedi y va a demostrar la inocencia de Ahsoka, primero busca a Ventress, de quien sospecha Ahsoka por los sables rojos, pero alguien la ataco poco despues de que dejo a Ahsoka en la fabrica, la dejo inconciente y le saco los sables, y Anakin descubre que Barris Offee les dio esa direccion, y va a enfrentarla, ahi demuestran su culpabilidad y la lleva al tribunal de la Republica, Barriss critica a la Republica y a la Orden Jedi por la Guerra de los Clones. Se muestra la inocencia de Ahsoka y se le ofrece que vuelva a la Orden Jedi pero ella se niega y abandona la orden y a Anakin.