Eventos:

Activacion de la Orden 66 en Tup: En la Batalla de Ringo Vinda el soldado clon Tup mata inconscientemente a la General Jedi Tiplar. La doctora de Kamino Nala Se le hace creer a los Jedis que se trata de un virus pero el solado de elite Cincos, en contra de las ordenes, descubre un tumor que produjo esto en Tup, pero Tup muere. Luego Cincos roba el tumor y descubre que el tumor es una descomposicion de un chip inhibidor que esta en todos los clones desde su etapa temprana de desarrollo (para esto extrae su propio chip), y que contiene la Orden 66 para matar a los Jedis, y pide que el chip le sea removido de todos los clones para que no se vuelva a repetir el caso de Tup. Pero Nala Se dice que es un caso aislado y que los chips inhibidores fueron una idea del Maestro Jedi Sifo Dyas para evitar que los clones se vuelvan agresivos como Jango Fett y que al quitarse el chip Cincos se convirtio en una amenaza y debe ser ultimado, y la Maestra Shaak Ti lo envia junto toda a las pruebas a ser visto por el Canciller Palpatine. Los chips quedan en manos de Palpatine que se los entrega a Nala Se pero Cincos se escapaa. Cincos manifiesta que esto es parte de un complot contra los clones y contra los Jedis, y la prueba es el chip biologico inhibidor que los hace hacer lo que alguna persona quiera, y se lo trasmite a Anakin y al Capitan Rex, y tambien menciona que el Canciller Palpatine esta involucrado, pero Anakin no le cree, el se pone agresivo y entra un grupo de clones que matan a Cincos, y el Canciller Palpatine le dice al Consejo Jedi que la causa de esto fue un parasito nativo de Ringo Vinda.

Investigacion sobre Sifo Dyas: El Maestro Plo Koon encuentra la nave y el sable de luz del Maestro Sifo Dyas, y los Jedis se ponen a investigar sobre su muerte. Yoda descubre del Ex-Canciller Valorum que este lo habia enviado a negociar con el Sindicato Pyke a Oba Diah, cerca de la luna donde se encontro estrellada la nave de Sifo Dyas, y que junto a el fue su asistente personal Silman, y en Felucia Obi-Wan y Anakin descubren de los nativos que cuando murio habia otro Jedi junto a el, entonces Anakin y Obi-Wan son enviados a investigar a Oba Diah. En Oba Diah descubren que los Pyke se habian aliado con un hombre llamado Tyranus quien les pago para que derribe su nave, y a quien le ocultaron de la existencia de Silman para tener un seguro, al que encontraron vivo y tienen cautivo, y los Pyke se lo muestran a Anakin y Obi-Wan. Silman habia enloquecido pero logra contarles que el culpable fue un hombre que queria se Sifo Dyas pero en ese momento llega Dooky y lo mata. En Oba Diah descubran que Dooku es Tyranus, quien se ve rodeado por los Pyke y Anakin y Obi-Wan pero logra escapar. Los Jedis descubren que fue Dooku quien guio la creacion del ejercito de clones y deciden ocultar este descubrimiento.

Viaje de Yoda para Descubrir los Secretos de la Conciencia Eterna: Los Jedis descubren que Dooku no es el Lord Sith, sino el Aprendiz, y El Consejo Jedi se encuentra procupado del crecimiento del Lado Oscuro. Yoda escucha la voz del difunto Jedi Qui-Gon Jinn, y se emprende en un viaje espiritual a Moraband, el planeta de los primeros Sith. Darth Sidious intenta quebrarlo usando ilusiones mentales con el Lado Oscuro de la Fuerza pero falla. Tras esto Yoda comienza a descubrir y aprender como mantener la consciencia despues de la muerte guiado por el espiritu de Qui-Gon Jinn y otros espiritus, que pueden darle la victoria al Lado Luminoso de la Fuerza.