Eventos:

Rescate de Eco: En la Batalla de Anaxes, los Separatistas liderados por el Almirante Trench se anticipan a las tacticas del Gran Ejercito de la Republica que hace que no puedan avanzar y vayan perdiendo. El Capitan Rex tiene que averiguar como hacen los separatistas para conocer sus tacticas, y presiente que el soldado de elite Eco sigue vivo, entonces va a investigar al cibercentro Separatista en Anaxes junto con Kix, Jesse, el Comandante Cody y la fuerza de clones de elite 99, El Lote Malo, a cuyas tacticas los Separatistas no pueden adelantarse, e interceptan la señal de Eco en Skako Minor, donde esta el cuartel general de la Tecno Union. Rex va hacia Skako Minor con el Lote Malo y Anakin Skywalker, y rescatan a Eco, que habia sido convertido en cyborg y utilizado como algoritmo militar por los Separatistas, y regresan a Anaxes. Con ayuda de Eco que da ordenes a los Separatistas, logran la victoria de la Republica en Anaxes y Anakin mata al Almirante Trench. Al final del arco, Eco se despide de su amigo Rex y se une al Lote Malo.

Ahsoka en el Nivel 1313: En el Nivel 1313 de Coruscant conoce a la mecanica Trace Martez, una mecanica que sueña con ser piloto, que la ayuda a arreglar su moto a la que defiende de Pintu Son-El, un prestamista de Coruscant al que su hermana, Rafa, debia dinero, y sus matones. Las hermanas Martez logran pagarle a Pintu armando 3 droides montacargas binarios Tipo 2 aunque Ahsoka se opone porque son peligroso, lo que causa tensiones entre Rafa y Ahsoka.Rafa embarca a Trace y Ahsoka en un contrato para transportar especias sin refinar de las minas de Kessel al Sindicato Pyke en Oba Diah. Ahsoka se opone y propone llevar los medicamentos a donde lo usen para producir medicamento y discute con Rafa, por lo que Trace lanza al espacio las especias, y las 3 son encarceladas en Oba Diah. Alli Ahsoka descubre que las hermanas Martez descreen de los Jedis ya que una Jedi destruyo su hogar y mato a sus padres, y tambien empezaron a desconfiar de todo el resto de personas. Ahsoka consigue que los Pyke liberen a las hermanas Martez y ella intenta escapar, cuando descubre que los Pyke obedecen a Maul, pero los Pyke descubren que es una Jedi y es capturada. Trace y Rafa regresan a liberar a Ahsoka pero descubren que fue una Jedi, y las 3 estan a punto de ser ejecutadas, pero logran escaparse y regresar a Coruscant, y son seguidas por Bo-Katan Kryze y los Buhos de la Noche, que reconocieron a Ahsoka en Oba Diah.

Sitio de Mandalore: Bo-Katan Kryze se dirige a Ahsoka para pedirle ayuda para liberar Mandalore de Maul, y van juntas a pedirle apoyo militar a Anakin y Obi-Wan, que acaban de vencer a los separatistas en Yerbana. Las negociaciones se interrumpen cuando secuestran al Canciller Palpatine y Anakin y Obi-Wan tienen que ir a rescatarlo, en el momento inmediato antes de los sucesos de Episodio III: La Venganza de los Siths, pero se le asigna la mision a una division de la Legion 501, la compañia 322, y nombran a Rex como Comandante y a Ahsoka como Asesora. Ahsoka, la compañia 332 y algunos mandalorianos liderados por Bo-Katan y toman Sundari y capturan al Primer Ministro Almec, pero no encuentran a Maul que se encondio junto a sus supercomandos mandalorianos en las alcantarillas. Entonces van en su busqueda y lo encuentran, Maul le tendia una trampa pero esperaba que vinieran Obi-Wan y Anakin y le cuenta que la Republica y los Jedis pronto no existiran y los reemplazara Darth Sidious, y se vuelve a escapar. Luego, Obi-Wan llama a Ahsoka donde este le cuenta que Darth Sidious, sospecha el Consejo, es el Lord Sith que orquesto la Guerra de los Clones y jugo en ambos bandos desde el principio de la Guerra de los Clones, y la nueva mision de Anakin de espiar al Canciller Palpatine, cerca del final de la Guerra. En ese momento Maul embosco a unos clones y capturo al soldado de elite Jesse (CT-5597) a quien le saca informacion sobre Ahsoka, y manda al Comandante mandaloriano Gar Saxon a asesinar a Almec, que llega a decirle a Ahsoka y Bo-Katan que Maul estaba interesado en Anakin Skywalker, con quien habia tenido una vision. Tras esto Maul le dijo a los lideres criminales del Colectivo Sombra que se escondieran y ordeno a los supercomandos liderados por Saxon que mueran peleando por Sundari. El aparece en el trono de Mandalore, libera a Jesse y se confronta con Ahsoka. Ella le ofrece la rendicion y que ayude al Consejo para detener a Sidious, pero Maul le pide que se una a el para detener a Sidious, y ella le pregunta sobre Anakin. Maul le cuenta que iba a ser el nuevo aprendiz de Sidious, lo que hizo que Ahsoka se enojase y se enfrenten, Maul intenta escapar pero Ahsoka lo persigue y lo vence, y logra capturarlo, mientras tanto las tropas de Rex y la resistencia mandaloriana de Bo-Katan logran vencer a los supercomandos de Saxon y terminan con el Asedio. Al dia siguiente la compañia 332 y Ahsoka se van de Mandalore llevandose como rehen a Maul. Arriba de la nave, durante el salto al hiperespacio, el Comandante Rex recibe la Orden 66 de Palpatine/Sidious de ejecutar a Ahsoka y Maul y se la da a sus soldados, pero en un momento antes de empezar a atacar a Ahsoka le dice que invistigue sobre Cincos. Ahsoka logra escapar, salva a Maul de su ejecucion y lo libera para generar una distraccion, tras esto descubre con ayuda los droides astromecanicos CH-33P, R7-A7 y RG-G1 que Rex sospechaba de los chips inhibidores tras lo sucedido con Tup y Cincos. Mientras tanto, Maul habia detruido parte de la nave y esta estaba a punto de estrellar, y posteriormente logra escaparse en una nave. Ahsoka logra capturar a Rex y extraerle el chip inhibidor, y juntos se enfrentan a la compañia 332 liderada por Jesse, que buscaban matar a Ahsoka y a Rex por traicion a la Republica segun la Orden 66, y logran escaparse en una nave y aterrizar. Finalmente arman un cementerio para la compañia 332 y Ahsoka finge su muerte dejando sus dos sables de luz. Mas tarde llegan las tropas del Imperio Galactico junto a Darth Vader quien encuentra los sables de Ahsoka, y en el aire revuelva el convor Morai.